

メインクエスト『ドゥーガ襲撃』は、『見えざる脅威』または『新たな日の黎明』の次に発生するミッション。ウォードまたはスパークのどちら側でゲームを進めたかによって、クエストの内容が変化する。
- ウォード:センケヴィチの一団と合流する
- スパーク:スパーク部隊と合流する
センケヴィチの一団と合流する(ウォード)

ダリンは外部から実験に干渉があったと疑っている。彼の話によれば、ルーターやセキュリティプロトコルに問題があったようだが、結局のところ、この大失態が原因でモノリスのプログラムを再起動させてしまったようだ。一方で、コルシュノフはモノリスが占拠したドゥーガを攻撃する計画を立てている。センケヴィチの一団と合流する必要がある。
ドゥーガ襲撃
モノリスに占拠されたドゥーガを奪還するため、襲撃部隊センケヴィチの一団と合流する。センケヴィチはドゥーガエリア北東、ドゥーガから少し離れた建物にいる。
少し休む
センケヴィチと会話した後、近くにある寝袋で仮眠を取る。起きるとすぐに作戦が始まる。センケヴィチの部下と共に、検問所の前にいるモノリス部隊を排除しよう。
携行型プサイ装置を破壊する

検問所に2つ設置されている携行型プサイ装置を銃で狙撃して破壊する。この装置を破壊せずに施設内へ侵入すると、モノリススナイパーの攻撃で即死するので注意。
検問所を確保する|持ち場を守る
2つの携行型プサイ装置を破壊した後、検問所を通過してドゥーガの敷地内へ侵入する。その後、一定時間敵と交戦を続ける。
ドゥーガから撤退する
ある程度戦うと、周囲に強力なプサイ放射線が発生してスキフ以外の全員が操られる。この時点でドゥーガから撤退しよう。撤退後、ダリンから通信が入り、STCマラカイトへ向かうよう指示を受ける。これで『ドゥーガ襲撃』が完了し、次のミッションが発生する。
次のミッション:些細な事件
スパーク部隊と合流する(スパーク)

プロミンCMDファクトリーのとある装置にエミッターを接続してほしいとスカーに頼まれ、その仕事は完了した。後はウォードに攻撃を仕掛けるだけだ。
ドゥーガ襲撃
巨大レーダー「ドゥーガ」を襲撃してウォードに打撃を与えるため、ドゥーガ近くの地下トンネルでスパーク部隊と合流する。地下トンネルへは、ドゥーガの入り口横にある縦穴から入る。正面から入ると、敵のスナイパーに撃たれて即死するので注意。
少し休む
スカーと会話した後、近くにある寝袋で仮眠を取る。起きるとすぐに作戦が始まる。地下トンネルを進み、通信センターにいるモノリス部隊を排除しよう。
通信センターを再接続する
部屋の中心にある設備の赤いレバーを引き、通信センターを再接続する。その後、スカーから通信が入り、モノリス司令部の場所を教えてくれる。
モノリスのリーダーを倒す

司令部にいるモノリスのリーダー「ファウスト」を始末する。他のモノリス兵を倒した後、2階の足場に突っ立っているファウストを撃つだけでいいのだが、ここではファウストを倒せない。その後、外に出て再びファウストと交戦する。
ドゥーガから撤退する
ファウストを殺せないことが判明し、作戦は半分失敗に終わる。
スカーから撤退命令が出た後、ドゥーガの正門から外に出てスパーク部隊と合流しよう。合流後にスカーは、先ほど倒したファウストが幻影の影武者であることを教えてくれる。この会話後「ドゥーガ襲撃」が完了し、次のミッションが発生する。
- 報酬:クーポン(8098K)
次のミッション:些細な事件