メインクエスト
未確認生物学およびプサイ医学研究所で起きた騒乱の黒幕がハーマンであることが判明した。そう、俺をゾーンへ導き、スキャナーを託してくれたあのハーマンだ。ハーマンはまだ生きており、この装置は奴の発明品だ。そしてダリン・・・俺が故郷を失ったのは、彼の抑えきれない野心が原因だった。これで報いを受けさせるべき相手が分かったというわけか。
希望的観測
メインクエスト「希望的観測」は「進歩の鍛冶場」の次に発生するミッション。閉鎖区画から脱出した後、スキフはSIRCAAの北側に帰還する。
願望機（モノリス）
ダリンを探してD1ホールを目指す。
- D1ホールには願望機（Wish Granter）が置かれている
- 願望機の別名は「モノリス」
- モノリスはプロジェクトXの科学者たちが作り上げたプサイ装置
- ウォードはサルコファガスで錆び付いていたモノリスを持ち出し、SIRCAAへ運んだ
モノリスに願いを込める
モノリスの前に出現した幻影に触れる。複数の幻影に触れた後、コルシュノフがスキフ抹殺を命令しウォード兵士と戦闘になる。ある程度戦うと戦闘は終了する。のちにコルシュノフから幻影だと釈明されるが・・・？
映写室へ行く
映写室にはハーマンが捕らえられている。アガサによると、ハーマンはファウストと協力して目撃者をすべて消そうとしたという。ハーマンの処遇を決めた後、アガサの話を聞く。
未確認生物ラボの入り口に行く
未確認生物ラボの入り口には、ヌーンタイドのメンバーであるダブニーが待ち構えている。
ここで、モノリスの暴走を阻止しようとするヌーンタイドに加勢するか、実験の継続を主張するウォードに味方するかを選択する。この選択は、その後の展開が大きく変化する。（ただし、どちらを選んだ場合でも、最終的にどの勢力に味方するかは後のクエストで再度選ぶことができる）
| 選択肢 | 内容 |
|---|---|
| お前に味方する | ヌーンタイドに味方すると、その後のクエストはスパーク主体で進行する |
| ウォードに味方する | その後のクエストはウォード主体で進行する |
お前に味方する（ヌーンタイドに味方する）
ヌーンタイドに味方した場合、ダブニーの後ろにある通路を通って奥に進む。
ストライダーを手伝ってX11へ突入し、アルファ・アーティファクトの奪還を試みる。ここはすべてカットシーンで進む。イベント後「希望的観測」が完了し、次のミッションが発生する。
次のミッション：血の最後の一滴まで
ウォードに味方する
ウォードに味方した場合、その場にいるダブニーを含め、襲撃してきたヌーンタイドを排除する。その後、X11へ進むとカットシーンが始まる。イベント後「希望的観測」が完了し、次のミッションが発生する。
次のミッション：法と秩序
法と秩序
ダリンの実験はひどい失敗に終わった。ジェネレーターの制御には成功せず、結果としてモノリスの再出現をはじめとする数多くの問題を解き放ってしまった。コルシュノフとダリンがこの失態を片付ける方法を見つけられればいいのだが、それについて今考えるべきではない。俺の当面の関心事は、SIRCAAの廃墟から脱出することだ。
法と秩序
メインクエスト『法と秩序』は、『希望的観測』でウォードに味方した場合に発生するミッション。
SIRCAAアーカイブのフラッシュドライブを回収する
X11から避難した後、ダリンの頼みを受けて「SIRCAAアーカイブのフラッシュドライブ」を探す。
フラッシュドライブは施設内北側のデータセンターに置かれている。データセンター1階の敵を倒した後、階段で下層に降り、奥にあるテーブルを探そう。この場所にはポルターガイストが徘徊しており、周囲の物を投げつけてくる。
モール施設の入り口を探す
フラッシュドライブを回収した後、モール施設から地下トンネルを通って脱出するようコルシュノフから通信が入る。モール施設の壊れた壁から中に入り、赤いスイッチを押すと地下トンネルへ続く扉が開く。
SIRCAAから脱出する
SIRCAAから脱出した後、コルシュノフから再度通信が入る。ここではモノリスが復活したことを告げられる。これで「法と秩序」が完了し、次のミッションが発生する。
次のミッション：古き良き時代のように
血の最後の一滴まで
あんたは最初から正しかったんだな、ストライダー！ ダリンと奴の取り巻き連中が得意なことはただ一つ・・・破壊だけだ。奴らの実験によって、友よ、あんたの命が犠牲になってしまった。だが、まだ希望はあるかもしれない。まずは、この忌々しいSIRCAA施設から抜け出さなければならない。
血の最後の一滴まで
メインクエスト『血の最後の一滴まで』は、『希望的観測』でヌーンタイドに味方した場合に発生するミッション。
SIRCAAアーカイブのフラッシュドライブを回収する
下水道トンネルから地上に出た後、SIRCAAアーカイブのフラッシュドライブを探す。
SIRCAAアーカイブは施設内北側のデータセンターに置かれている。データセンター1階の敵を倒した後、階段で下層に降り、奥にあるテーブルを探そう。この場所にはポルターガイストが徘徊しており、周囲の物を投げつけてくる。
モール施設の入り口を探す
フラッシュドライブを回収した後、モール施設から地下トンネルを通って脱出するようリヒターから通信が入る。モール施設の壊れた壁から中に入り、赤いスイッチを押すと地下トンネルへ続く扉が開く。
トンネルを通って脱出する
広大な地下トンネルにはウォード兵だけでなく、ネズミ、犬、スノーク（前転する人型ミュータント）など多数の敵が登場する。
- 敵が非常に多い
- 水が溜まった場所（感電する場所）はスイッチを切ると感電しなくなる
- 手が届かない梯子は、南京錠を撃って降ろす
- 回復アイテムは豊富に用意されているが、包帯は不足しやすい
外に出る
トンネルの出口でリヒターと合流して外へ出る。ここからカットシーンは始まり、スキフとリヒターはモノリス（洗脳されたヌーンタイド）の襲撃を受ける。イベント後「血の最後の一滴まで」が完了し、次のミッションが発生する。
次のミッション：古き良き時代のように
