

メインクエスト「答えには代償が伴う」は「七つの封印の後ろに」の次に発生するミッション。前ミッションでどちらの陣営に協力したかによって、進むルートが変化する。
- ゾトフにセンサーを渡した場合 → ケミカルプラントに行く(ウォード)
- リヒターにセンサーを渡した場合 → 拘置所に行く(スパーク)
ケミカルプラントに行く(ウォード)

ソルダーは単なる下っ端に過ぎなかった。とはいえ、奴はそれなりに役立つ情報を提供してくれた。スキャナーを巡る策略の黒幕がネスターという男だと教えてくれたのだ。俺はウォードの本拠地であるケミカルプラントへ行き、コルシュノフ大佐と話すよう、ゾトフに命じられた。
答えには代償が伴う
前ミッション「七つの封印の後ろに」でゾトフにセンサーを渡した場合、レッサーゾーンの西の橋を通過してケミカルプラントエリアを目指す。ケミカルプラントの基地は立ち入り禁止となっており、中に入ることはできないが、施設の外にはトレーダーとガイドが駐留している。
コルシュノフを探す
ウォードの拠点ケミカルプラントに到着した後、入口にいるマテウス中尉と会話すると、コルシュノフがいる前哨基地の場所を教えてくれる。
襲撃部隊と合流する
ケミカルプラントの北にある「ウォードの前哨基地」でコルシュノフと会話する。コルシュノフの部隊はチョルノーゼム(ネスターと最後に話した男)がいるデポの襲撃計画を計画しており、同じ情報を探すスキフもこの作戦に参加することになる。
デポへの襲撃を始める
チョルノーゼムの拠点「デポ」への襲撃を開始する。すべてのバンディットを倒した後、コルシュノフと話すとクエストが完了する。
次のミッション:値上がり
拘置所へ行く(スパーク)

ソルダーは単なる下っ端に過ぎなかった。とはいえ、奴はそれなりに役立つ情報を提供してくれた。スキャナーを巡る策略の黒幕がネスターという男だと教えてくれたのだ。リヒターによれば、拘置所にいるストーカー仲間がネスターの捜索を手伝ってくれるそうだ。
答えには代償が伴う
前ミッション「七つの封印の後ろに」でリヒターにセンサーを渡した場合、ガファーから貰った鍵でザリシアの北にある検問所の扉を開け、ガーベジエリアにある拘置所へ向かう。検問所の扉は検問所の周囲はアノマリーに囲まれているため、慎重に通り抜けよう。
拘置所
拘置所でリヒターの仲間スターと話すと、ファクトリーの地下室にネスターの隠れ家があると教えてくれる。しかし、ウォードが施設の入口を封鎖しているようだ。侵入する方法を探さなければならない。
会話後に発生するサイドミッション「救済への道」は目的地が同じなので気にしなくていい。そして、周囲にあるアイテムはありがたく貰っておこう。ピストルに付いているサプレッサーを取り外すと他の銃でも使える。
ファクトリー

スターの言う通り、ファクトリーの入り口はウォードが封鎖している。下手に近づくと攻撃を受ける。ここは正面突破も不可能ではないが、裏口(施設の東側)はガラガラで誰も警備していない。壁が崩れた場所をくぐると簡単に侵入できる。
ファクトリー侵入後は地下に降り、扉の横にある端末にパスコード「2605」を入力する。
研究所の地下
研究所の地下は荒廃して誰もいないように見えるが、こういう場所に限ってブラッドサッカーがいる。近距離火力が高いショットガンやフルオートアサルトライフルを用意しておこう。
ネスターに関する情報を探す

ブラッドサッカーがいた部屋の机の上にレコーダーが置かれている。これを回収すると、ダイオードという名の技術者がスキャナーに関与したことが分かり、ネスターがボタ山(ガーベジの中心にある野営地)のリーダーであることが判明する。ダイオードはネスターに脅迫されているようだ。
最上階へ行く
ネスターに関する情報を入手した直後に謎の人物から通信が入る。拘置所からの連絡でストーカーが助けに来ることを知っていたようだ。この人物が待つ最上階へ向かおう。
浮遊するアノマリー
プラズマアノマリーが周回する通路を通過し、階段を上がって上層を目指す。
パスコードを入力する
謎の人物から貰ったパスコード「2603」で扉を開けて先へ進む。
不明な人物

最上階にはフードを被った人物がいる。この人物はどこかで見たことがあるかもしれない。部屋に入るとアニメーションシーンが始まり、謎の人物から協力を依頼される。承諾するか断るか選ぼう。協力すると、爆弾を起動してシェルターの扉を閉める。その後、入ってきたウォーデンは爆発に巻き込まれ、奇妙な動きで銃を乱射して自滅する。
これで「答えには代償が伴う」が完了する。後は排水溝を通って施設から脱出しよう。
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