ラサンダーの血を探す
マインド・フレイヤーに誘拐され、何らかの寄生生物を感染させられた。この船から脱出する方法を探さなければならない。
ノーチロイドから脱出する
バルダーズ・ゲート3のメインクエスト『ノーチロイドから脱出する』は、ニューゲーム後に始まる最初のクエスト。マインドフレイヤーの船「ノーチロイド」に捕らえられ、幼生を植え付けられたプレイヤーは脱出方法を探して船内を探索する。
ポッドから脱出する
キャラクター作成が済んだ後、ゲームはノーチロイドの一室から始まる。マインド・フレイヤーのポッドから脱出し、自由に動けるようになったプレイヤーは周囲の探索を始める。最初の部屋には休息デバイス（X: 33 Y: -428）が置かれており、ここでヒット・ポイントを回復できる。マインド・フレイヤーの死体はいくつかのジェムを所持している。
ミルナス
東の通路から隣の手術室へ移動する。手術室の中央には上階へ続く小さなエレベーターがあり、神経装置に触れるとプラットフォームの上階に移動できる。上階には頭皮を剥がされたハイエルフのミルナスが手術台に座っている。
露出した脳はテレパシーで助けを求めてくる。ここで助けに応じ、その後の能力値判定に成功すると、「アス」（Us）という名のインテレクト・ディヴァウラー（脳みそに手足が生えた生き物）が一時的に仲間になる。変な見た目だが予想以上に使える。
レイゼルと会う
南西の通路から部屋の外へ進む。ここでギスヤンキの兵士レイゼルと遭遇し、脱出のためにパーティーを組むことになる。レイゼルをオーリジンとして選んでいた場合は、代わりにLosiirがパーティーに加わる。その後、最初の戦闘が発生する。
部屋の北側（X: -39、Y: -376）に回復装置が置かれている。次の部屋へ進むには、動脈網を登って北へ進む。
シャドウハートを救出する
ポッドに閉じ込められているシャドウハートを救出する方法はクラスによって異なる。ソーサラー、ウォーロック、ウィザードは
難易度7の魔法学判定をクリアするとポッドを解放できる。バーバリアンは難易度10の筋力判定をロールする。それ以外のクラスは、ポッドの隣にあるデバイスにルーンを嵌める必要がある。解除に必要なルーンは東隣の部屋に倒れている死体（X: 62 Y: -355）が所持している。
救出するとシャドウハートがパーティーに加入する。その後、シャドウハートの部屋から南に移動し、船のコントロールルームへ入るとザルク戦が始まる。
ここでシャドウハートを救出しなかった場合、ノーチロイドから脱出した後に浜辺で再開する。この場合、見捨てたことを咎められるがパーティーには加入してくれる。
指揮官ザルク
この戦闘の目的は奥のコントロールデバイスを起動することであり、ザルクを倒す必要はない。強力な攻撃を放つザルクはマインド・フレイヤーに任せ、パーティーメンバーは周囲の敵を殲滅しながら部屋の奥にある船のコントロールを目指そう。
永炎の剣を入手する
永炎の剣は指揮官ザルクが装備している炎のグレートソード。
通常は装備者のザルクを倒さなければ入手できないが、クレリック呪文「命令」で武器を落とさせると入手できる。命令はシャドウハートが習得しているものの、事前に準備しておかなければ使えない。永炎の剣を入手する場合は、戦闘前に呪文一覧を開いて命令を準備呪文に加えておこう。
ザルクを倒す
武器を落としたザルクはそれ以降素手で攻撃を始める。この状態になれば、全員で囲って集中攻撃することでザルクを倒すことができる。
数ラウンドが経過すると、ザルクとほぼ同等の力を持つ2体のカンビオンが、東の入口から部屋に侵入してくる。この敵の到着を遅らせるには、部屋の扉のすぐ前にある狭い通路に宝箱を3つ積み重ねておこう。こうすることで、カンビオンたちは道を切り開くために宝箱を攻撃せざるを得ず、戦闘への参加を遅らせることができる。（障害物はドラッグで移動できる、インベントリに入れて持ち運ぶことも可能）
ザルクを倒すとXPが手に入る。
墜落
船のコントロールを起動するとカットシーンが始まり、最終的にノーチロイドは墜落する。衝撃でプレイヤーは外に投げ出される。
次のクエスト：治療法を探す
